À partir de l’épisode « Le robot-tueur » (saison 1, épisode 14), Catherine Lloyd Burns (Caroline) n’apparaît plus au générique de Malcolm, bien qu’elle continue à apparaître dans plusieurs épisodes par la suite. Cela est dû au fait que les trois derniers épisodes de la saison 1 ont été produits avec la saison 2 où elle apparaît rarement et n’est plus au casting principal.

La grossesse de Lois, retournement scénaristique qui a nourri l’intrigue de la saison 4, n’est pas si innocent. En effet, à la même époque Jane Kaczmarek et son mari Bradley Whitford attendaient leur troisième enfant, Mary Louisa Whitford. Les scénaristes ont donc fait le choix d’introduire la grossesse de l’actrice dans la série… Ce qui a donné naissance à Jamie, à la fin de la même saison. Et contrairement aux nombreuses autres séries où la grossesse d’une actrice principale est introduite dans le scénario de la série d’une façon assez maladroite, dans Malcolm les scénaristes ont su rebondir pour offrir un personnage gagnant en importance au fil des trois dernières saisons.

En 1999, Bryan Cranston enchaînait les castings pour de nouvelles séries. Il a alors reçu un appel pour incarner le rôle du père dans le pilote d’une série qui allait être tourné, Malcolm in the Middle. Le script était selon lui très drôle et intelligent, mais le rôle du père n’était pas développé et la seule chose qu’on connaissait de lui est qu’il avait beaucoup de poils. Il a alors cherché à créer le personnage lui-même en commençant par noter toutes les qualités de Lois, à savoir intrépide, forte et pointue pour ressortir l’opposé chez Hal ; un personnage craintif, faible et réservé. Il voulait apporter à la personnalité de Hal ce que Lois n’avait pas dans la sienne. Bryan se souvient avoir passé le casting dans un bureau aux côtés du créateur de la série Linwood Boomer pendant que les décors de la série se construisaient à l’extérieur. L’acteur a ensuite tourné le pilote. Quelques temps après, il a reçu un appel de Linwood pour lui dire que la Fox allait tourner la série. Ce que le producteur ne lui a pas dit, c’est que la chaîne voulait retourner le pilote sans Bryan pour aller dans une direction différente avec le personnage de Hal. Un an plus tard, Bryan a appris que le producteur a insisté auprès de la Fox pour le garder dans la série. Selon Linwood, Bryan était le seul qui pouvait incarner Hal.

Dans les cinq premières saisons, l’idée de suivre les aventures de Francis séparément du reste de la famille (d’abord à l’école militaire, puis en Alaska, et enfin au ranch Grotto) n’est pas motivée créativement mais purement au niveau pratique. En effet, des mineurs n’ont le droit de jouer qu’un nombre d’heures restreint chaque jour dans une production, et il était donc impossible que Justin Berfield, Erik Per Sullivan et Frankie Muniz figurent à l’écran dans toutes les scènes. Pour permettre donc de leur épargner une présence dans un tiers de chaque épisode, le choix a été fait de donner au personnage de Francis un rôle où il n’aurait pas à interagir avec eux. Les deux dernières saisons, Francis n’a plus de point d’attache et apparaît dans un nombre limité d’épisodes. Pas si surprenant : Frankie Muniz et Justin Berfield ayant désormais 18 ans, la combine a été abandonnée par la production, d’autant plus que de l’aveu même des scénaristes, écrire une nouvelle intrigue pour Francis à chaque épisode a donné lieu à quelques arrachements de cheveux !

Le flashback montrant une dispute entre Lois et Francis adolescent (« 800 dollars plus les frais », saison 6, épisode 20) utilise des images des trois plus jeunes frères, tournées 5 ans auparavant pour les besoins de l’épisode « Lundimanche » (saison 1, épisode 15).

Ce recours à des images d’archives reste assez singulier, la série ayant plutôt l’habitude de recourir à de jeunes acteurs inconnus pour ses flashbacks avec un succès variable selon les épisodes. Dans « Souvenirs, souvenirs » (saison 2, épisode 25), le pari est réussi : les enfants choisis ressemblent trait pour trait aux acteurs plus jeunes. Dans « Malcolm président », en revanche, la ressemblance n’y est clairement pas : les enfants du flashback ne ressemblent absolument pas à Dewey, Malcolm et Reese plus jeunes !

« La sœur de Lois » fut le 100ème épisode produit pour la série. À l’issue du tournage, la production avait invité acteurs et équipe technique à fêter ça… au bowling ! Mais comme cela arrive régulièrement, l’ordre de diffusion fut quelque peu chamboulé, et c’est « Enfin seul ! » qui fit passer à Malcolm la barre des 100 épisodes diffusés.

La cinquième saison est la première à avoir été conçue et produite pour une diffusion télévisée en 16/9. Si la série a toujours été tournée sur pellicule, l’image était auparavant recadrée en 4/3 pour la télévision. En France pourtant, M6 a diffusé les sept saisons de Malcolm en 4/3, avant que la série soit diffusée sur les chaînes du groupe M6 en 16/9 bien des années plus tard, à partir de 2024.

Malcolm, Reese et Dewey alternent les phases de complicité et de rivalité, un concept voulu par Linwood Boomer pour ressembler à sa propre famille. La série a ainsi failli s’appeler Fighting in underpants (Bagarres en slip).

Au générique de l’épisode « Si les garçons étaient des filles… » catégorie scénaristes figure Alexandra Kaczenski, qui n’est autre que la fille de la responsable des costumes de la série, et était alors âgée de… 11 ans ! L’idée d’imaginer les garçons se transformer en filles le temps d’un épisode est venue de cette pré-adolescente et a plu à Linwood Boomer qui a décidé de la porter à l’écran.

Le double-épisode « Pique-nique fatal » (saison 3, épisodes 11 et 12) fut diffusé aux États-Unis juste après le 36e Superbowl et sur la même chaîne (FOX), permettant à Malcolm de réaliser une audience exceptionnelle : 21,4 millions de téléspectateurs.

Jane Kaczmarek a donné naissance à deux enfants pendant la production de la série. Si sa première grossesse (durant la saison 1) fut cachée à l’écran, la deuxième conduira à l’absence de Lois de quelques épisodes au cours de la saison 4. À cette époque, son interprète Jane Kaczmarek a d’ailleurs quitté les plateaux de tournage se plaignant de maux de têtes. Certains ont alors parlé d’une maladie diplomatique, puisque l’actrice réclamait en même temps une augmentation. En réalité, Jane était… enceinte de son troisième enfant. Une grossesse qui sera, contrairement à celle durant la première saison, intégrée à l’histoire avec la venue de Jamie.

La subite poussée des jeunes acteurs durant les deux premières années de tournage a contraint les scénaristes à adapter leurs histoires, les personnages de Reese et Malcolm affichant désormais des traits de véritables adolescents. Ainsi, entre le tournage des deux premières saisons, Frankie Muniz alors âgé de 14 ans, avait pris 20 centimètres et avait également mué et perdu au moins une octave dans sa voix. Ainsi, les producteurs ont tourné le premier épisode de la saison 2 en urgence pendant l’été car il se déroulait directement après le dernier de la saison précédente. C’est à ce moment-là que les scénaristes ont dû changer les histoires qu’ils avaient prévues pour leur héros, comme l’a dit Linwood Boomer :

« On a réalisé que beaucoup des histoires de fin de primaire, d’enfant de 10 ou 11 ans, qu’on avait prévu de faire n’étaient plus faisables. On a dû écrire en fonction de son âge. »